Transferência tecnológica durante a pandemia de covid-19: relato do primeiro treinamento prático presencial no Brasil / Technology transfer during the COVID-19 pandemic: report on the first face-to-face practical training course in Brazil / Transferencia de tecnología durante la epidemia de COVID-19 en Brasil: informe de la primera formación práctica presencial

O relato descreveu o primeiro curso presencial visando capacitar profissionais de saúde pública na realização de vigilância genômica em tempo real, durante períodos pandêmicos. Relato de experiência sobre um curso teórico-prático com foco em pesquisa e vigilância genômica, incluindo tecnologias de sequenciamento móvel, bioinformática, filogenética e modelagem epidemiológica. O evento contou com 162 participantes e foi o primeiro grande treinamento presencial realizado durante a epidemia de covid-19 no Brasil. Não foi detectada infecção pelo SARS-CoV-2 ao final do evento em nenhum participante, sugerindo a segurança e efetividade de todas as medidas de segurança adotadas. Os resultados do evento sugerem que é possível executar capacitação profissional com segurança durante pandemias, desde que seguidos todos os protocolos de segurança.

The objective of this report was to describe the first face-to-face course aimed at training public health professionals in performing real-time genomic surveillance during the pandemic period. Experience report on a theoretical-practical course focusing on genomic research and surveillance, including mobile sequencing technologies, bioinformatics, phylogenetics and epidemiological modeling. There were 162 participants in the event and it was the first major face-to-face training course conducted during the COVID-19 epidemic in Brazil. No cases of SARS-CoV-2 infection was detected among the participants at the end of the event, suggesting the safety and effectiveness of all safety measures adopted. The results of this experience suggest that it is possible to conduct professional training safely during pandemics, as long as all safety protocols are followed.

Este estudio tuvo como objetivo describir el primer curso presencial para capacitar a los profesionales de la salud pública para llevar a cabo la vigilancia genómica en tiempo real durante los períodos de pandemia. Este es un informe de experiencia en un curso teórico-práctico centrado en la investigación y vigilancia genómica, que incluye secuenciación móvil, bioinformática, filogenética y tecnologías de modelado epidemiológico. Este evento contó con la asistencia de 162 participantes y fue la primera gran capacitación presencial realizada durante la epidemia de COVID-19 en Brasil. No se detectó infección por SARS-CoV-2 al final del evento en ningún participante, lo que sugiere la seguridad y efectividad de todas las medidas de seguridad adoptadas. Por lo tanto, los resultados del evento sugieren que es posible realizar entrenamientos profesionales de manera segura durante pandemias, siempre y cuando se sigan todos los protocolos de seguridad.

Silencioso e negligenciado: o que se sabe após quatro décadas do descobrimento do HTLV-1? / Silent and neglected: what is known after four decades of the discovery of the HTLV-1? / Silencioso y descuidado: ¿qué se sabe después de cuatro décadas del descubrimiento del HTLV-1?

O vírus linfotrópico T humano tipo 1 (HTLV-1) foi o primeiro retrovírus humano descoberto, descrito pela primeira vez há 41 anos. Esse retrovírus está associado ao desenvolvimento de duas doenças graves: a leucemia/linfoma de células T do adulto (ATLL) e a mielopatia associada ao HTLV-1/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). Este trabalho teve como objetivo analisar as atualizações sobre o HTLV-1, destacando os aspectos clínicos, os avanços e as limitações no tratamento e na prevenção da infecção pelo HTLV-1. Para isso, foi realizada uma revisão integrativa, por meio de coleta de dados nas plataformas PubMed, LILACS e SciELO, entre março e abril de 2021. Foram incluídos 61 artigos de diferentes países. O Brasil foi o país com maior número de publicações na área: 12. Os resultados obtidos mostram que existem avanços importantes no que diz respeito ao tratamento e à prevenção da infecção pelo HTLV-1. No entanto, a falta de estudos específicos sobre o vírus, que abordem os aspectos clínicos da infecção, foi um fator limitante para este estudo, o que reforça a necessidade de investimento em novas pesquisas sobre o tema.

The Human T-lymphotropic Virus 1 (HTLV-1) was the first human retrovirus discovered, described for the first time 41 years ago. This retrovirus is associated with the development of two serious diseases: adult T-cell leukemia/lymphoma (ATLL) and tropical spastic paraparesis/HTLV-1-associated myelopathy (HAM/TSP). This study aimed to analyze the updates about HTLV-1, highlighting the clinical aspects, advances, and limitations in the treatment and prevention of HTVL-1 infection. To this end, an integrative review was carried out, with data collection on PubMed, LILACS, and SciELO platforms, between March and April 2021. A total of 61 articles from different countries were included. Brazil was the country with the largest number of publications in the area: 12. The results showed effective advances regarding treating and preventing HTLV-1 infection. However, the lack of specific studies about the virus, which address the clinical aspects of the infection, was a limiting factor for this study, which reinforces the need for investment in new research about this topic.

El virus linfotrópico T tipo 1 humano (HTLV-1) fue el primer retrovirus humano descubierto y se describió por primera vez hace 41 años. Este retrovirus está asociado con el desarrollo de dos enfermedades graves: leucemia/linfoma de células T del adulto (ATLL) e mielopatía asociada a HTLV-1/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). Este estudio tuvo como objetivo analizar las actualizaciones sobre HTLV-1, destacando los aspectos clínicos, los avances y limitaciones en el tratamiento y prevención de la infección por HTLV-1. Para ello, se realizó una revisión integradora, a través de la recolección de datos en las plataformas PubMed, LILACS y SciELO entre marzo y abril de 2021. Se incluyeron 61 artículos de diferentes países. Brasil fue el país con mayor número de publicaciones en el área: 12. Los resultados obtenidos muestran que existen avances efectivos en cuanto al tratamiento y prevención de la infección por HTLV-1. Sin embargo, la falta de estudios específicos sobre el virus que aborden los aspectos clínicos de la infección fue un factor limitante para el presente estudio, lo que refuerza la necesidad de invertir en nuevas investigaciones sobre este virus.

Caracterização molecular da ORF-I proveniente de pacientes com diferentes perfis clínicos / Molecular characterization of ORF-I from patients with different clinical profiles

INTRODUÇÃO: O HTLV-1 é o agente etiológico de doenças humanas, tais como leucemia/linfoma de célula T do adulto (ATLL), paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV (HAM/TSP), dermatite infectiva associada ao HTLV-1 (DIH), entre outras. Estima-se que cerca de 5-10 milhões de pessoas estejam infectadas pelo HTLV-1 no mundo e apesar dessa infecção ser endêmica em diferentes regiões geográficas, ainda permanece sem métodos terapêuticos eficazes. O genoma desse retrovírus é composto por duas fitas simples de RNA, com os genes gag, pol, env e uma região próxima à extremidade 3' conhecida como pX. A região pX contém quatro quadros abertos de leitura (ORFs) que codificam proteínas regulatórias específicas. A ORF-I codifica as proteínas p12 e p8, que quando expressas em quantidades equivalentes favorecem a infectividade e persistência viral. Mutações gênicas específicas na ORF-I do HTLV-1 podem alterar o padrão de expressão e, consequentemente, a concentração relativa destas proteínas, implicando na alteração da persistência viral e no desfecho da infecção. OBJETIVO: Caracterizar a ORF-I do HTLV-1 de pacientes com diferentes perfis clínicos. MATERIAL E MÉTODOS: Inicialmente foi realizada a anotação completa do principal genoma do HTLV-1 (ATK1), utilizado como sequência referência para a caracterização molecular da ORF-I. Em seguida, 1530 sequências da ORF-I provenientes de indivíduos assintomáticos e com HAM/TSP foram submetidas a análise de dataming para busca de associações entre mutações, carga proviral e sintomatologia. Para avaliar o grau de conservação genética da ORF-I em outros perfis clínicos, amostras de 23 pacientes assintomáticos, 11 pacientes com DIH, 13 com ATLL e 16...

INTRODUTION: The HTLV-1 is the etiological agent of some human diseases, such asadult T-cell leukaemia/lymphoma (ATLL), HTLV-1-associated myelopathy/tropicalspastic paraparesis (HAM/TSP), infective dermatitis associated to HTLV-1 (IDH),among others. It is estimated that approximately 5-10 million people are infected withHTLV-1 in the world and although this infection is endemic in different geographicregions, it still remains without effective therapeutic methods. The genome of thisretrovirus is composed of two single strands of RNA, with the genes gag, pol, env and aregion near the 3' end, known as pX. The pX region contains four open reading frames(ORFs) that encode specific regulatory proteins. The ORF-I encodes the p12 and p8proteins, which when expressed in equivalent concentrations favor infectivity and viralpersistence. Specific mutations in HTLV-1 ORF-I may alter the expression and,consequently, the relative concentration of these proteins, implying in viral persistence alteration and outcome of infection. OBJECTIVE: Characterize the HTLV-1 ORF-Ifrom patients with different clinical profiles. MATERIAL AND METHODS: First, thecomplete annotation of the main genome of HTLV-1 (ATK1), used as a referencesequence for the molecular characterization of ORF-I, was initially performed. Then,1530 ORF-I sequences from asymptomatic and HAM/TSP individuals were submitted todataming analysis to search associations. To assess the ORF-I genetic conservation statusin other clinical profiles, samples from 23 asymptomatic patients, 11 patients with IDH,13 with ATLL and 16 with...

Inferences about the global scenario of human T-cell lymphotropic virus type 1 infection using data mining of viral sequences

Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is mainly associated with two diseases: tropical spastic paraparesis/HTLV-1-associated myelopathy (TSP/HAM) and adult T-cell leukaemia/lymphoma. This retrovirus infects five-10 million individuals throughout the world. Previously, we developed a database that annotates sequence data from GenBank and the present study aimed to describe the clinical, molecular and epidemiological scenarios of HTLV-1 infection through the stored sequences in this database. A total of 2,545 registered complete and partial sequences of HTLV-1 were collected and 1,967 (77.3%) of those sequences represented unique isolates. Among these isolates, 93% contained geographic origin information and only 39% were related to any clinical status. A total of 1,091 sequences contained information about the geographic origin and viral subtype and 93% of these sequences were identified as subtype “a”. Ethnicity data are very scarce. Regarding clinical status data, 29% of the sequences were generated from TSP/HAM and 67.8% from healthy carrier individuals. Although the data mining enabled some inferences about specific aspects of HTLV-1 infection to be made, due to the relative scarcity of data of available sequences, it was not possible to delineate a global scenario of HTLV-1 infection.

Estudo in silico para a utilização do HTLV-2 atenuado como vetor vacinal contra a infecção pelo HTLV-1 / In silico study for use of the HTLV-2 attenuated vaccine as a vector against HTLV-1

O HTLV-1 foi o primeiro retrovírus descrito associado a doenças humanas, tais como leucemia de célula T do adulto (ATLL), paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV (TSP/HAM), dermatite infecciosa, entre outras. Esse retrovírus possui um genoma de RNA de fita simples, com os genes gag (grupo antigênico), env (envelope), pol (polimerase), e uma região próxima à extremidade 3' conhecida como pX. Em cada extremidade do genoma existem sequências de repetições terminais longas (LTR – long terminal repeat), que são essenciais na integração do DNA proviral ao DNA do hospedeiro, e também para a regulação transcricional do genoma do vírus. Estima-se que cerca de 5-10 milhões de pessoas estejam infectadas pelo HTLV-1 no mundo. No Brasil, presume-se que 2,5 milhões de pessoas estejam infectadas. Apesar da infecção pelo HTLV-1 ser endêmica em diferentes regiões geográficas do mundo, ainda permanece sem um método de profilaxia eficaz. Pesquisas realizadas em macacos-esquilos no Instituto Pasteur da França e no Instituto Nacional do Câncer nos EUA avaliaram a imunogenicidade e a eficácia de uma vacina contendo o gene env ou env e gag do HTLV-1. Após a vacinação e transfusão de células infectadas com o HTLV-1 todos os animais mostraram-se protegidos. Anteriormente a este estudo, pesquisadores do Instituto Nacional do Câncer, NIH-EUA, avaliaram a eficácia de um vetor vacinal derivado do vírus da varíola atenuado contendo o gene env do HTLV-1 (R-ALVAC), e após o desafio vacinal todos os animais mostraram-se protegidos. Porém, a proteção destes dois estudos não foi permanente. Entretanto, esses resultados sugerem que uma vacina anti-HTLV-1 pode ser viável e, acreditamos que a produção dessa vacina tendo como vetor um vírus persistente como o HTLV-2 pode proteger contra a infecção pelo HTLV-1. Assim, desenvolvemos em colaboração com o NIH, um vetor vacinal contendo as duas regiões LTR do HTLV-2, para serem inseridos os genes gag e env do HTLV-1 sob o controle da região 3’LTR deste vetor. Para a utilização desse vetor recombinante faz-se necessário caracterizar a região promotora do HTLV-2, avaliando assinaturas nucleotídicas presentes em diferentes subtipos, bem como a presença de motifs importantes para a expressão do vetor vacinal. Pelo exposto, o objetivo principal desse trabalho foi avaliar in silico a habilidade do vetor recombinante do HTLV-2 poder ser utilizado como vetor vacinal anti-HTLV-1. Nossos resultados revelaram que existem pequenas diferenças na região promotora dos subtipos HTLV-2a, HTLV-2b, HTLV-2c e HTLV-2d. Algumas alterações resultam em ganho ou perda de motifs importante para a regulação da transcrição gênica, como o motif E Box, presente nas sequências dos diferentes subtipos do HTLV-2 e ausente na região promotora do vetor. Entretanto, estudos sugerem que esse motif pode ser responsável pela repressão da transcrição gênica e, portanto, essa diferença encontrada entre o vetor recombinante do HTLV-2 e as diferentes sequências analisadas sugere que a transcrição gênica do vetor vacinal sem esse motif pode ser mais eficiente. Logo, o vetor recombinante do HTLV-2 pode ser utilizado como vetor vacinal anti-HTLV-1 em ensaios pré-clínicos.